Das Prozedere beim insgesamt 1,2 Milliarden Euro schweren Innovationsfonds gerät zunehmend in die Kritik. Auf Anfrage des Fachmagazins f&w - führen und wirtschaften im Krankenhaus erklärte Reiner Holznagel, Präsident des Bundes der Steuerzahler: „Die Beitrags- und Steuerzahler haben einen Anspruch auf transparente Entscheidungsprozesse über die Verwendung ihrer Gelder. Der Bund der Steuerzahler fordert deshalb, dass die jeweiligen Empfehlungen des Expertenbeirats zu den einzelnen Projekten veröffentlicht werden. Außerdem ist eine transparente Evaluation der Projekte angebracht."
Der beim Gemeinsamen Bundesausschuss (G-BA) angesiedelte Innovationsausschuss hat Anfang Dezember die Liste mit 29 Projekten veröffentlicht, die von dem Fonds gefördert werden. Die jährlich zur Verfügung stehende Fördersumme beträgt 300 Millionen Euro, wovon pro Jahr 225 Millionen Euro für neue Versorgungsformen und 75 Millionen Euro für Projekte der Versorgungsforschung vorgesehen sind. Für das Förderjahr 2016 wird dieser Betrag laut G-BA vollständig ausgeschöpft. Im Januar will der G-BA die geförderten Projekte zur Versorgungsforschung veröffentlichen.
Allerdings nennt das Gremium nicht das Votum des Expertenbeirats. Dieses von Bundesgesundheitsministerium (BMB) berufene Gremium unter Leitung von Holger Pfaff, Direktor des Instituts für Medizinsoziologie, Versorgungsforschung und Rehabilitationswissenschaft der Universität Köln, gibt bei jedem Projektantrag eine Empfehlung für die Förderentscheidung ab. Anschließend entscheidet der Innovationsausschuss, der aus Vertretern der G-BA-Bänke - Spitzenverband Bund der Krankenkassen (GKV-SV), Kassen(zahn)ärztliche Bundesvereinigung (K(Z)BV) und Deutsche Krankenhausgesellschaft (DKG) – sowie dem unparteiischen G-BA-Vorsitzenden (Josef Hecken), zwei BMG-Vertretern und einem Vertreter des Bundesforschungsministeriums besteht.
Weicht der Innovationsausschuss vom Votum des Expertenbeirats ab, muss er dies schriftlich begründen. Allerdings bleiben sowohl die Meinung der Experten als auch die schriftliche Begründung geheim.